Source: The Conversation – in French – By Florence Débarre, Directrice de recherche CNRS, chercheuse en biologie évolutive, Sorbonne Université
L’ESSENTIEL
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Les pangolins ont été les stars éphémères du début de la pandémie de Covid-19, sujets d’un emballement médiatique les présentant comme les animaux intermédiaires qui auraient transmis le nouveau coronavirus des chauves-souris aux humains.
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Ils ont ensuite fait l’objet de détournements et de moqueries sur Internet et ont été élevés au rang de symbole de la crédulité des scientifiques quand l’argument en faveur de leur rôle d’hôte intermédiaire a été invalidé.
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Que savons-nous aujourd’hui du lien entre les pangolins et l’origine de la pandémie de Covid-19 ? Faut-il continuer de s’intéresser à eux ?
Le 7 février 2020 marque le début d’un emballement médiatique sur les pangolins et leur rôle dans l’origine de la pandémie de Covid-19. À l’occasion d’une conférence de presse, des chercheurs de l’Université agricole de Chine du Sud viennent en effet de communiquer une découverte importante : les pangolins seraient potentiellement l’hôte intermédiaire entre chauves-souris et humains du nouveau coronavirus, qui sera nommé SARS-CoV-2 quelques jours plus tard. Un communiqué de l’agence de presse nationale chinoise Xinhua indique que les chercheurs auraient identifié un virus dont la séquence est similaire à 99 % à celle du virus infectant les humains. L’information est reprise par d’autres agences et se propage dans les médias.
Quand l’équipe de la conférence de presse partage une prépublication (un article scientifique qui n’a pas encore été relu par les pairs), sur le site bioRxiv une dizaine de jours plus tard, l’affirmation des « 99 % » a disparu.
Si certains bouts de séquence sont très proches du nouveau coronavirus, à l’échelle du génome entier, le virus de pangolin n’est « qu’ » à 90 % similaire. Ce n’est pas rien, mais cela reste bien en dessous du plus proche cousin de l’époque (96,2 %), le coronavirus de chauve-souris RaTG13 dont la séquence complète a été publiée fin janvier 2020 – dans les deux cas, la similarité n’est pas suffisante pour parler d’ancêtres directs. Un co-auteur de l’article expliquera que le « 99 % » venait d’une mauvaise communication entre des membres de son équipe : il s’agissait du pourcentage d’identité dans une partie du génome seulement.
Ce coronavirus de pangolin n’est d’ailleurs même pas nouveau. Il provient de pangolins saisis par des douanes de la province du Guangdong en 2019. Les échantillons ont déjà été étudiés, séquencés, et les résultats publiés à l’automne 2019.
Passé un peu inaperçu à l’époque, l’article de 2019 contient une information d’une grande importance biologique : la preuve que des coronavirus similaires à SARS-CoV-2 infectaient des pangolins peu avant la pandémie. Les virus sont différents de SARS-CoV-2 et n’en sont pas les ancêtres, mais c’est néanmoins une indication que ces types de virus infectaient des animaux sauvages au-delà des chauves-souris.
Si l’étude de 2019 est mentionnée dans les articles parus début 2020, le lien avec elle n’est pas toujours encore fait de manière explicite, et cela peut être la source de confusions, voire de théories du complot.
L’imbroglio des données de virus de pangolins du Guangdong
Les journaux scientifiques demandent classiquement aux auteurs de partager sur des bases de données publiques les données génétiques associées à leurs études. Cependant, les éditeurs ne vérifient pas toujours que le partage est effectif. Beaucoup de journaux requièrent une preuve de dépôt des données, souvent sous la forme de l’identifiant des données (que l’on appelle en jargon franglais une « accession »). Les auteurs peuvent déposer leurs données génétiques sous embargo sur les bases publiques : ils obtiennent ainsi des identifiants, reportés dans les articles envoyés aux journaux comme gage de dépôt, mais les données restent non publiques jusqu’à la levée de l’embargo. Normalement, les auteurs lèvent l’embargo lorsque leur article est accepté par un journal scientifique et publié. Si l’embargo est toujours en place, d’autres personnes peuvent alors contacter les gestionnaires de bases de données en signalant que l’article est publié, et demander la levée de l’embargo.
C’est ce qui était arrivé avec les données de virus de pangolins du Guangdong de 2019. Les auteurs de l’article de 2019 avaient déposé des données brutes de séquençage sur une base de données états-unienne le 20 septembre 2019, sous embargo. L’embargo n’avait pas été levé à la publication de l’article, un mois plus tard. L’article publié précisait cependant bien l’identifiant sous lequel les données auraient dû être retrouvées (« PRJNA573298 »).
Les gestionnaires de la base de données m’ont indiqué avoir été informés de l’existence de l’article sur les pangolins du Guangdong le 22 janvier 2020 ; l’embargo est levé le jour même. Les données sont désormais accessibles au monde entier.
Un chercheur, Matt Wong, tombe quelques jours plus tard sur les données de virus de pangolins du Guangdong de 2019 qui sont désormais publiques. Il rédige une note qu’il poste le 30 janvier sur le site web Virological, où des chercheurs en virologie partagent leurs résultats (et où a été publiée la première séquence de SARS-CoV-2 quelques semaines auparavant). Sa note circule un peu, notamment sur Twitter, mais est peu remarquée.
En parallèle, à Hongkong, une équipe de chercheurs a trouvé dans des échantillons provenant de saisies de douanes d’une autre province chinoise, le Guangxi, d’autres coronavirus de pangolin, eux aussi dans la même famille que SARS-CoV-2. Ils sont un peu moins proches de SARS-CoV-2 que celui du Guangdong qui est déjà sur la base de données publiques, et auquel l’équipe de Hongkong a aussi eu accès. L’équipe de Hongkong envoie son étude au journal Nature le 7 février, juste après la conférence de presse de l’Université agricole de Chine du Sud. Les auteurs ne savent pas encore que les coronavirus de pangolins du Guangdong des différentes études ont en fait la même source.
La course à la publication
À la suite de la conférence de presse, la course à la publication est lancée. En l’espace d’une semaine, il y a six prépublications sur le site bioRxiv sur des virus de pangolins. Toutes incluent les coronavirus des échantillons du Guangdong de 2019. Une seule, celle de l’équipe de Hongkong, contient de nouveaux échantillons non encore publiés, de la province du Guangxi. La plupart de ces prépublications seront ensuite publiées dans des journaux scientifiques.
L’histoire ne s’arrête pas là. Deux des articles utilisant les échantillons du Guangdong de 2019 n’ont, en effet, pas été absolument explicites sur le fait de réutiliser des échantillons ; des noms d’échantillons ont aussi été intervertis ou changés. En science, la double publication n’est pas une pratique habituellement permise. Ces articles feront l’objet de corrections dans les journaux qui les ont publiées (PLOS Pathogens et Nature – précisons que ce n’est pas le cas de l’article de l’équipe de Hongkong, qui présente de plus des échantillons originaux d’une autre province).
Les conspirations des pangolins
Certains vont voir dans l’accumulation de prépublications sur les coronavirus de pangolins le signe d’une conspiration. Ces études auraient été coordonnées pour faire diversion, en détournant l’attention de la vraie origine de la pandémie.
Cette interprétation repose notamment sur la confusion entre la date à laquelle un article est envoyé à la plateforme de prépublication bioRxiv et sa date de publication, après contrôle par des modérateurs, lequel peut prendre plusieurs jours. Si plusieurs des études sortent exactement le même jour sur bioRxiv, ce n’est pas parce que leurs auteurs se sont coordonnés, mais parce que les modérateurs de la plateforme ont traité le même jour des manuscrits envoyés à des dates différentes.
Il est aussi suggéré que les séquences génétiques auraient été manipulées. En fait, les séquences publiées peuvent être reproduites à partir de données brutes de séquençage. Bref, pas de conspiration, mais, pour certains groupes, des petits arrangements avec l’éthique afin de s’assurer une publication dans un journal prestigieux.
Par ailleurs, si le coronavirus de pangolins saisis par les douanes du Guangdong en 2019 n’est pas le plus proche de SARS-CoV-2 à l’échelle du génome entier, il en est très proche dans une région critique, celle qui encode la partie de la protéine Spike, qui interagit avec les récepteurs sur les cellules de l’hôte (RBD). Il en est si proche que certains proposent que le RBD (pour Receptor Binding Domain, ou domaine de liaison au récepteur, ndlr) de SARS-CoV-2 provient d’un coronavirus de pangolin par recombinaison, naturelle ou pas. Ce raisonnement va vite montrer ses limites, car il suppose que notre connaissance des coronavirus sauvages est exhaustive.
Ne pas jeter les pangolins avec l’eau du bain
Qu’en est-il alors du rôle des pangolins dans l’origine de la pandémie de Covid-19, et qu’avons-nous appris depuis 2020 ?
À l’automne 2021, une équipe de chercheurs du Laos et de France publiait la séquence de ce qui est désormais le plus proche cousin connu de SARS-CoV-2, BANAL-20-52 (96,8 %). Échantillonné dans le nord-ouest du Laos en juillet 2020, ce coronavirus de chauve-souris est de plus très proche de SARS-CoV-2 dans la région critique du RBD. Il n’y a plus besoin d’invoquer les pangolins du Guangdong pour décrire la potentielle origine du RBD de SARS-CoV-2, les chauves-souris suffisent désormais.
En juin 2021 ont été publiés des inventaires d’animaux vendus dans les marchés de Wuhan avant la pandémie ; pas de pangolins dans ces listes. Pas non plus de traces génétiques de pangolins dans le marché de Huanan à Wuhan, l’épicentre de la pandémie de Covid-19, comme indiqué dans une étude à laquelle j’ai pris part, utilisant des données collectées au marché début 2020 par des équipes du Centre chinois de contrôle des maladies.
Pour autant, il ne faut pas écarter forcément les pangolins dans l’étude de l’origine de SARS-CoV-2. En dehors des chauves-souris, ce sont les seuls animaux pour lesquels il existe des traces d’infections par des virus du type de SARS-CoV-2 avant la pandémie de Covid-19 – et, de plus, par des virus clairement différents entre eux, comme le confirme à nouveau une étude parue récemment.
Ainsi, depuis 2020, plusieurs autres traces d’infections prépandémiques de pangolins se sont accumulées, associées à divers lieux en Asie du Sud-est et dans le sud de la Chine. Il reste à savoir si les infections de pangolins ont eu lieu dans la nature ou lors de leur transport ; dans le second cas, ils auront été contaminés par d’autres espèces restant à déterminer. Quoi qu’il en soit, les pangolins jouent un rôle dans la grande histoire des virus de type SARS-CoV-2.
Florence Débarre a reçu un financement de la Mission pour les initiatives transverses et interdisciplinaires du CNRS en lien avec ce travail.
– ref. Covid-19 et pangolins : retour scientifique sur un emballement médiatique – https://theconversation.com/covid-19-et-pangolins-retour-scientifique-sur-un-emballement-mediatique-294753
Original source: https://submissions.mil-osi.com/2026/11/10/covid-19-et-pangolins-retour-scientifique-sur-un-emballement-mediatique-294753/